论文自查与知网查重的差异主要体现在方法和准确度上。论文自查是作者自行对论文进行查重，通常使用一些免费的查重工具，如复制粘贴到搜索引擎中检测相似度。但是这种方法存在漏检和误差的可能。而知网查重则是通过专业的查重平台，能够全面、准确地检测文献的原创性和重复率，具有更高的可信度和权威性。因此，知网查重更受学术界和期刊的认可，也更能有效防范学术不端行为。

另外，论文自查与知网查重的差异还在于使用范围和效果。论文自查相对简单便捷，适用于个人作者或小范围的论文查重需求，但其查重范围有限，无法覆盖所有可能的抄袭来源。而知网查重虽然需要一定费用，但能够提供更全面的查重报告，包括文献相似度、来源检测等详细信息，对于大规模的论文查重工作更为高效和可靠。因此，针对重要学术论文或期刊投稿，建议使用知网等专业查重平台进行查重，以确保文献的原创性和学术诚信。